碳源指的是提供碳元素的物質或環境，它是生物體合成有機物質的基礎。碳源可以分為兩大類：內碳源和外碳源。
內碳源
內碳源通常指的是生物體內儲存的碳化合物，例如植物細胞內的糖類、脂肪、蛋白質等。在微生物培養中，如果培養基中的碳源耗盡，而微生物仍然需要繼續生長代謝，那么它們可能會利用自身內部儲存的有機物質作為碳源。這種情況常見于一些特定的實驗條件或自然環境下的微生物生存策略。
外碳源
外碳源指的是來自外部環境中的碳化合物，包括但不限于：
有機碳源：這類碳源包括葡萄糖、蔗糖、淀粉等簡單的糖類以及復雜的有機分子如脂肪酸、氨基酸等。這些有機碳源可以直接被許多生物體吸收并用于能量代謝和合成新的生物大分子。
無機碳源：主要是二氧化碳（CO?），是光合作用植物和一些能夠進行CO?固定的微生物的主要碳源。這些生物能夠將CO?轉化為有機物質，并且在此過程中儲存能量。
復雜有機物：包括纖維素、木質素等植物殘體，以及動物尸體、糞便等。這些物質需要經過分解者（如土壤中的微生物）的作用，才能被進一步分解為簡單的小分子有機物，供其他生物使用。
復合碳源：是指在廢水處理、微生物培養或農業生產中使用的多種碳源的混合物。通常包含易于微生物利用的簡單有機化合物（如葡萄糖、果糖等）以及較復雜的有機物質（如淀粉、纖維素等）。在廢水處理中，復合碳源常用于生物脫氮除磷過程，幫助提高處理效率；在微生物培養中，則有助于優化特定菌種的生長條件
在水處理、污水處理以及工業生產中，碳源的選擇對于微生物群落的構建及其功能具有重要影響。例如，在生物脫氮過程中，適量的外加碳源可以促進反硝化細菌的活動，從而提高脫氮效率。而在某些工業廢水處理中，添加合適的碳源可以幫助微生物降解有毒有害物質。