硝化菌與反硝化菌不同，它屬于自養型微生物，不需要碳源，主要用于生物脫氮-降解氨氮。硝化菌的馴化需要循序漸進，相對反硝化菌更難。
1.每次增加的進水量應為設計進水量的5-10%。
2.每增加一次應穩定2-3個周期或2天左右。
3.如出現了出水指標一直上升，則應暫停進水，待指標恢復正常后，將進水水量稍微減少或略高于上周期進水量。
4.硝化菌對生長環境要求比較嚴苛，還應注意對以下指標的調節：
a.溫度：硝化系統內溫度應維持在5～35℃的范圍內，如在冬季低溫時啟動，則建議采用高氨污水廠的菌種或增加保溫、加溫措施。
b.溶解氧：溶解氧應該控制在1.5～2.0mg/L內，低于0.5mg/L時硝化反應趨于停止，過高則會活性污泥易于老化，結構松散。
c.pH值：最佳pH值是8.0～8.4，如低于6.5則需要補充堿度。
d.污泥泥齡：污泥泥齡為硝化菌最小世代時間的2倍以上。
e.有毒害物質：重金屬、高濃度氨氮、高濃度硝酸鹽、絡合陽離子、氯離子等有毒害物質需控制其進水標準，以免抑制微生物生長。
f.COD/BOD：在AO系統中，COD含量過高，會促使反硝化菌快速生長，消耗水中溶解氧，抑制硝化菌，為促進硝化菌生長，COD不宜高于20mg/L，而為了防止污泥快速老化，COD含量不宜低于3mg/L。
g.在培養地程中，氨氮濃度高于200mg/L時則會抑制硝化菌生長，建議 進水濃度在150mg/L以下。
此外，對于處理難度大、需快速啟動、系統抗沖擊能力弱的硝化系統可投加硝化激活菌，或直接請專業人員進行現場調試。
